Quando virou jounnin, sua primeira missão foi ser líder de seus amigos e companheiros Uchiha Obito e Rin na destruição de uma ponte que levava suprimentos para o país da Pedra. Numa batalha sua amiga Rin é sequestrada. Kakashi, de início, diz que eles devem seguir a missão, já que se eles forem resgatar a Rin eles correm o risco de não completa-la.Mas Uchiha Obito briga com Kakashi e diz que aquele que não se importa com companheiros é o pior lixo que existe, e vai atrás de Rin. Kakashi aparece depois. Tentando salvar Obito, Kakashi fere seu olho esquerdo, ficando cego dele, e Obito desperta o Sharingan. Eles resgatam Rin, mas Obito fica esmagado embaixo de uma pedra. Ele pede que Rin tire o Sharingan dele e passe para Kakashi. Kakashi percebe o quanto foi tolo, e decide seguir os conselhos do amigo, compartilhando de sua filosofia.
Mais tarde ele vira um ANBU, fazendo missões, mas ele sai dessa vida para voltar a ser jounin.
Ele já sabia que Yondaime era o pai de Uzumaki Naruto mesmo antes de conhecê-lo.
É responsável pelo treinamento do Time 7, formado pelos recém-shinobis Naruto Uzumaki, Sasuke Uchiha e Sakura Haruno. É possuídor do Sharingan podendo inclusive mais tarde utilizá-lo até em sua forma mais avançada, o Mangekyou Sharingan, que foi um presente de um amigo morto em uma luta. Kakashi também ensinou o Chidori, uma técnica de sua criação, a Sasuke, acreditando que seria um ótimo aliado na vila. Atualmente tem uma personalidade preguiçosa e despreocupada, mas ainda assim é considerado um dos mais poderosos dos jounins da Aldeia da Folha.
Ele faz testes para que genins. Naruto, Sakura e Sasuke entendem o que ele quer dizer e entram para o time dele. Kakashi, depois, treina Sasuke com o uso do Sharingan, e o ensina o Chidori. Kakashi tenta fazer Sasuke esquecer seu passado e sua vingança, mas sem sucesso, já que este é muito determinado . Assim ele fica algum tempo sem seus genins, já que Naruto saiu com Jiraiya e Sakura está com Tsunade.
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